Jaume I (1208-1276), des d'Alcanyís, decidí la conquesta de Peníscola
l’any 1225, però hagué d'abandonar l'intent per l’inexpugnable de l’alcassaba
àrab, que ocupava el punt més elevat del tómbol de Peníscola. Anys després, el
1233, una vegada entregada Borriana a mans del Conquistador, Peníscola decidí
entregar-se a canvi de que es respectaren les seues lleis, els seus costums i
els seus privilegis. Nogensmenys, en la carta pobla atorgada a Fur de València
el 28 de gener de 1251 desposseirà els moros de tots els seus béns i
propietats, els quals entregarà als nous pobladors cristians.
L'orde del Temple, el 1294, incorporaria als seus dominis Peníscola i el
seu districte territorial. en virtut d’un acord entre Jaume II, el Just
(1267-1327) i Berenguer de Cardona, mestre de l’orde del Temple, pel qual
aquell obtenia la vila de Tortosa a canvi d’una sèrie de castells al nord del
Regne de València.
Començà, a partir d'aleshores i fins el 1307, la construcció de l'actual
castell sobre les deixalles de l'alcassaba àrab; les obres van ser promogudes
per Berenguer de Cardona, Mestre de l'orde a Aragó i Catalunya, i Arnau de
Banyuls, Comanador de Peníscola. Amb la desaparició del Temple, el 1319,
s'incorporaria a la recentment creada Orde de Santa Maria de Montesa. En 1329
Peníscola encapçala una comanda i en el seu castell es crea el Priorat de Sant
Jaume.
